La campagne de fouilles archéologiques menée de mai 2009 à février 2010 a réuni jusqu’à vingt archéologues du Service Archéologique départemental.
Ce chantier répondait à une triple attente :
- Restituer les niveaux de sols médiévaux entre aperçus lors des sondages de 2006,
- Découvrir les vestiges des bâtiments qui composaient le prieuré,
- Étudier les sépultures des religieux et des laïcs inhumés dans différentes zones funéraires.
Plusieurs éléments des origines du prieuré ont ressurgi à cette occasion :
- Les vestiges d’une église de l’an mil et de bâtiments monastiques qui accompagnaient cette dernière et qui constituent le monastère originel,
- Les vestiges des bâtiments distribués par le cloître et qui accueillait la communauté des religieux qui suivaient la règle de Saint Augustin,
- Près de 420 sépultures pour la plupart de religieux mais aussi de laïcs dont plusieurs femmes et enfants inhumés entre le 12e et le 18e siècle,
- Divers objets ayant appartenus à la communauté, souvent retrouvés dans le contexte funéraire,
- La réalité de l’environnement géographique du prieuré qui fut jusqu’à la fin du 16e siècle une île de la Loire.
